La antigua farmacia del Hospital de Santa Catalina es considerada uno de los conjuntos más notables de los siglos XVII-XVIII, junto con la farmacia de Llívia. Pero a diferencia de esta, que prestaba servicio a toda la población, la de Santa Catalina era una farmacia hospitalaria.
Situada en la planta baja del edificio, se accede a ella directamente desde el patio interior. La estancia, rectangular, está cubierta por una bóveda por arista decorada con pinturas alegóricas del s. XIX, que a su vez cubren unas pinturas más antiguas de época barroca.
Del mobiliario conservado destaca un cordialero (un tipo de armario) profusamente decorado y empotrado en el conjunto de estanterías, donde se guardaban los medicamentos más preciados. La farmacia conserva una colección de más de 300 tarros de cerámica blanca vitrificada (la mayoría fechados en los siglos XVII y XVIII), además de varios morteros, frascos de vidrio soplado y recipientes de madera. Asimismo, también es relevante la biblioteca, con un fondo que incluye varios tratados relacionados con la medicina desde la época medieval hasta el siglo XIX.
