Le musée auberge une collection du haut Moyen-Âge, représentative de l’évolution artistique de la Catalogne d’époque comtale. De cette époque, les œuvres religieuses, les meubles liturgiques et la décoration monumentale sont les productions clefs fondamentales, lesquelles sont réalisées principalement dans les monastères et les cathédrales, et qui pendant des siècles resteront en tête de la production artistique des comtés pyrénéens et pré-pyrénéens, et qui en particulier dans le nord-est seront agglutinées par le Diocèse de Gérone.
Un fragment de pierre tombale paléochrétienne du IVe siècle certifie l’apparition du premier christianisme dans la région. Celle-ci, trouvée à Empúries, représente l’exemple austère des derniers siècles de domination romaine. Déjà pendant l’époque comtale, de vrais trésors sont exhibés, tels que le vase hispano-arabe de Saint-Vincent de Besalú, l’ensemble liturgique de Saint-Pierre-de-Roda, avec l’autel portable du siècle X, le Crist en Majesté originaire du monastère de Saint-Michel de Cruïlles et la Majesté du prieuré de Sant Joan les Fonts. Dans le domaine pictural l’homiliaire de Beda, de l’église de Saint-Felix de Gérone, et un fragment de la La Pentecôte du Maître d’Osormort sont remarquables.
Dans les différentes salles, la sculpture architecturale en provenance de cloîtres et de portails joue aussi un rôle important, avec une collection de chapiteaux, d’origine, iconographie et formes variées. Dans ce groupe, une tête en marbre peut se détacher, laquelle s’attribue à l’atelier du célèbre Maître de Cabestany.
Pareillement important résulte le fonds d’objets liturgiques, parmi lesquels se trouvent des éléments curieux comme la lipsanothèque de Bestracà, des tailles en bois polychromatiques avec des représentations Mariannes et de saints, en provenance du tout le diocèse, ainsi que la poutre de Cruïlles, un exemple fragmentaire et presque unique d’un baldaquin du XIIesiècle, qui a conservé toute sa polychromie. Le parcours par l’art roman finit avec les peintures à fresque de l’abside de Sant Esteve de Pedrinyà.
Finalement, le visiteur découvre l’un des symboles traditionnels et touristiques (non exempt d’un certain mystère) de la Gérone actuelle: la vraie colonne en relief de la lionne, du XIIIe siècle.