Gerona y su área de influencia tuvieron un papel capital en la llegada y difusión del arte procedente del norte de Francia que empezó a difundirse por todo el continente desde inicios del siglo XIII. En el Museo de Arte se pueden apreciar piezas del taller del maestro Bartomeu de Gerona, el primer escultor de nombre conocido introductor del gótico en Cataluña. Son claros ejemplos de ello el conjunto integrado por el calvario, de mediados del siglo XIII, procedente de la catedral de Gerona, o el tímpano del hospital de clérigos de la misma ciudad, restaurados recientemente por el Museo de Arte.
A partir de 1320-1340 se generaliza el uso del alabastro de Beuda (Garrotxa) como material preferente en la estatuaria de culto, de la que es una buena muestra la Virgen de la Esperanza, de autor anónimo y proveniente del desaparecido convento de San Francisco de Gerona, o los fragmentos del grupo del Santo Sepulcro de la iglesia de San Félix, atribuidos al taller de los maestros reales Aloi de Montbrai y Jaume Cascalls, sin olvidar un magnífico relieve de Pere Oller, autor, entre otros, del sepulcro del cardenal Anglesola en la sede gerundense.
Aparte de una buena muestra de tumbas y relieves, figuras y capiteles de los talleres de canteros gerundenses, el museo cuenta con otras piezas relevantes y excepcionales, como las tablas de vidriero que sirvieron para realizar los vitrales de la zona del ábside de la catedral de Gerona, que constituyen una de las únicas muestras materiales de este tipo conservadas en Europa. Las tablas han sido objeto de un estudio y una exposición monográfica en el Museo de Arte.
El majestuoso Salón del Trono reúne uno de los conjuntos más destacables en Cataluña de retablos pintados en el siglo XV, como el retablo de San Miguel de Cruïlles, de Lluís Borrassà; el retablo de la Virgen de Canapost, del maestro homónimo; el de San Miguel de Castelló d’Empúries, con intervención de Joan Antigó, Honorat Borrassà y Francesc Vergós I; el retablo de San Pedro de Púbol, de Bernat Martorell; el retablo de Santa Cristina de Corçà, atribuido al maestro de Olot; y el retablo de la Piedad, de Jaume Cabrera, procedente de la capilla de Santa Catalina, dentro de la parroquia de San Ginés de Torroella de Montgrí.
