La pintura gerundense del siglo XVI está representada en gran parte por artistas extranjeros que incorporaban elementos renacentistas al gótico flamenco. Un claro ejemplo de ello lo encontramos en el retablo de San Félix de Gerona, iniciado en el año 1504 y terminado en 1520. En su elaboración participaron pintores como Perris de Fontaines (procedente de Francia) y Joan de Borgonya (originario de Alemania), que aportaron nuevas formas de representación, propias de las corrientes más avanzadas del momento. Otros ejemplos de esta tendencia son el retablo de la Virgen con el niño y un ángel, atribuido al pintor de origen flamenco Jan Massys, o la Tabla de Santa Úrsula, del ya mencionado Joan de Borgonya.
Por su parte, las estampas y los grabados ayudaron a difundir nuevos modelos de representación, que pronto se plasmaron en la pintura catalana. Bajo la influencia de estas nuevas formas se forja el arte de Pere Mates, pintor procedente de Gerona y uno de los más importantes y prolíficos de su época, del cual se exponen varios retablos provenientes mayoritariamente de iglesias parroquiales de la diócesis, en lo que es el conjunto más importante del autor conservado en Cataluña. Aparte del fondo pictórico destacan otros elementos, principalmente escultóricos, como un exvoto de Carlos V, obra exquisita de técnica mixta que combina la talla de la madera y la orfebrería.