El Museo reúne una colección de la Alta Edad Media, representativa del devenir artístico de la Cataluña de época condal. De este momento resultan clave las obras religiosas, el mobiliario litúrgico y la decoración monumental, realizados principalmente en los monasterios y centros catedralicios, que estuvieron durante siglos a la cabeza de la creación artística de los condados pirenaicos y prepirenaicos, que en el nordeste aglutinaba el obispado de Gerona.
Un fragmento de lápida paleocristiana del siglo IV certifica la aparición del primer cristianismo en la región. Encontrado en Ampurias, el vestigio es una muestra austera de los últimos siglos de dominio romano. Ya de época condal, se exhiben verdaderos tesoros, como el vaso hispanoárabe de San Vicente de Besalú, el conjunto litúrgico de San Pedro de Roda, con el ara portátil del siglo X, el Cristo en Majestad procedente del monasterio de San Miguel de Cruïlles y la Majestad del priorato de Sant Joan les Fonts. En el ámbito pictórico destacan el homiliario de Beda, de la iglesia de Sant Félix de Gerona, y un fragmento del Pentecostés del Maestro de Osormort.
En las distintas salas también tiene un papel destacado la escultura arquitectónica proveniente de claustros y portaladas, con una variada colección de capiteles de procedencia, iconografía y formas distintas. De este grupo sobresale una cabeza de mármol atribuida al taller del célebre Maestro de Cabestany.
Destaca asimismo el fondo de objetos litúrgicos, con elementos curiosos como la lipsanoteca de Bestracà, tallas de madera policromada con representaciones marianas y de santos, procedentes de toda la diócesis, así como la viga de Cruïlles, un ejemplo fragmentario y casi único de un baldaquín del siglo XII, cuya policromía se ha conservado en su totalidad. El recorrido por el arte románico concluye con las pinturas al fresco del ábside de San Esteban de Pedrinyà.
Finalmente, el visitante descubre uno de los símbolos tradicionales y turísticos (no exento de cierto misterio) de la Gerona actual: la auténtica columna con relieve de la leona, del siglo XIII.
