L’ancienne pharmacie de l’Hôpital de Sainte-Catherine est considérée un des ensembles les plus notaires de ce type d’établissement du XVIIe et XVIIIe siècles, conjointement avec la pharmacie de Llívia. À différence de celle-ci, qui donnait service à toute la population, celle de Sainte-Catherine était une pharmacie d’hôpital.
Située au rez-de-chaussée du bâtiment, on y accède depuis la cour intérieure. La salle, rectangulaire, est couverte par une voûte d’arêtes décorée avec des peintures allégoriques, du 1800, qui à son tour couvrent des peintures murales antérieures, d’époque baroque.
Parmi les meubles conservés, se trouve un cordialer (un type d’armoire) copieusement décoré et encastré dans l’ensemble d’étagères, où se gardaient les médicaments les plus chers. La pharmacie assure la garde d’une collection de plus de 300 pots en céramique blanche vitrifiée (datés surtout des siècles XVII et XVIII), en plus de plusieurs mortiers, de flacons en verre soufflé et de récipients en bois. Par ailleurs, la bibliothèque est aussi remarquable, avec un fonds qui comprend plusieurs traités gardant un rapport avec la médecine de l’époque médiévale jusqu’au XXe siècle.
