El Museu acull la col·lecció d’art més important del Bisbat i de la província de Girona, que dibuixa un itinerari per obres úniques de l’art català. La visita permet contemplar, en ordre cronològic, obres pictòriques i escultòriques d’èpoques i estils successius (romànic, gòtic, Renaixement, barroc, realisme, modernisme i noucentisme), amb sales dedicades a la ceràmica, el vidre i l’art litúrgic.
A causa de les obres a la teulada, algunes sales romandran tancades, però els retaules del Saló del Tron es poden veure com mai abans, amb dues pantalles tàctils que et permeten navegar per imatges d’altíssima resolució de cada un dels retaules, i amb una projecció de mapping que projecta fragments del retaule de Sant Pere de Púbol, de Bernat Martorell (1437), directament sobre l’estructura rígida que el cobreix. Una experiència visual única que et permet veure aquesta obra mestra del gòtic català d’una manera completament nova.