Un exemple destacat d’aquest procés és el retaule de Sant Feliu de Girona, iniciat l’any 1504 i acabat el 1520. En la seva elaboració van participar pintors com Perris de Fontaines, procedent de França, i Joan de Borgonya (o de Burgunya), originari d’Alemanya, que van aportar noves formes de representació pròpies dels corrents artístics més avançats del moment. Altres exemples són el retaule de la Verge amb el nen i un àngel, atribuït al pintor flamenc Jan Massys, i la taula de Santa Úrsula, del mateix Joan de Borgonya.

Les estampes i gravats van contribuir a difondre nous models de representació que aviat es van reflectir en la pintura catalana. Sota la seva influència es desenvolupa l’obra de Pere Mates, pintor gironí i un dels més prolífics del seu temps. Al Museu es conserven diversos retaules seus, majoritàriament provinents d’esglésies parroquials de la diòcesis, configurant el conjunt més important de l’autor conservat a Catalunya.

A més del fons pictòric, destaquen altres obres, principalment escultòriques, com un Exvot de Carles V, obra exquisita de tècnica mixta que combina la talla de fusta amb l’orfebreria.