A partir del segle XIII es té constància de l'existència d’una ermita dedicada a Santa Margarida, situada l'interior del cràter del volcà que li ha pres el nom, inclòs al Parc Natural de la Zona Volcànica de la Garrotxa. Les sèries de terratrèmols de 1427-1428 van destruir completament l’ermita, que no fou reconstruïda fins anys més tard, adoptant la fesomia que té actualment de capella romànica, amb una nau capçada a llevant per un absis semicircular. Dita reconstrucció segurament va anar acompanyada de la talla d'una nova imatge de la titular, d'alabastre de Beuda, de trets físics simples però efectius, i una disposició del vestit ondulat que recorda les millors imatges del darrer gòtic internacional. Per cronologia i estil, les robes es poden comparar amb les del Sant Jaume del fragment de predel·la atribuït a Ramon Solà II, o el d'alguns dels sants i personatges del gran retaule de Sant Pere de Púbol, obra de Bernat Martorell.
