L’antiga farmàcia de l’Hospital de Santa Caterina es considera un dels conjunts més notables dels segles XVII-XVIII, juntament amb la farmàcia de Llívia. Però a diferència d’aquesta, que donava servei a tota la població, la de Santa Caterina era una farmàcia hospitalària.
Es troba ubicada a la planta baixa de l’edifici, amb accés directe des del pati interior. L’estança, rectangular, està coberta per una volta d’aresta decorada amb pintures al·legòriques del s. XIX (que cobreixen unes pintures més antigues d’època barroca).
Del mobiliari conservat destaca un cordialer (tipus d’armari) profusament decorat i encastat en el conjunt de prestatgeries, on es guardaven els medicaments més preuats. La farmàcia guarda una col·lecció de més de 300 pots de ceràmica blanca vitrificada (sobretot datats dels s. XVII i XVIII), a més de diversos morters, flascons de vidre bufat i recipients de fusta, entre d’altres. A un altre nivel també és rellevant la biblioteca, que recull en el seu fons diversos tractats relacionats amb la medicina des d’època medieval fins el segle XX.
