Les obres d'aquest període estan marcades pel seu caràcter religiós: mobiliari litúrgic, escultura i decoració monumental, realitzades principalment en monestirs i centres catedralicis. Aquests espais van ser, durant segles, els principals focus de creació artística dels comtats pirinencs i prepirinencs; d'aquests, els situats al nord-est formaven part del bisbat de Girona.

El recorregut comença amb un testimoni del primer cristianisme: un fragment de làpida paleocristiana del segle IV, trobada a Empúries, una mostra austera dels darrers segles del domini romà.

Ja dins l'època comtal, destaquen veritables tresors, com el vas hispano-àrab de Sant Vicenç de Besalú; el conjunt litúrgic de Sant Pere de Rodes, que inclou l’Ara portàtil del segle X, el Crist en Majestat procedent de Sant Miquel de Cruïlles, i la Majestat del priorat de Sant Joan les Fonts. També destaca l’Homiliari de Beda, un llibre il·lustrat del segle XI, de l’església de Sant Feliu de Girona, i un fragment de la pintura mural de la Pentecosta del Mestre d’Osormort, del segle XII.

L’escultura arquitectònica també hi té un presència significativa, amb una variada col·lecció de capitells de claustres i portalades, de procedència, iconografia i formes diverses. D’aquest conjunt destaca un cap de marbre atribuït al taller del Mestre de Cabestany, un dels escultors més reconeguts del romànic europeu, i el relleu de Breda, atribuït o vinculat al cercle de Gilabert de Tolosa.

Alhora, destaca el fons d’objectes litúrgics, amb elements singulars com la Lipsanoteca de Bestracà, diverses talles de fusta policromada amb representacions marianes i de sants procedents d’arreu de la diòcesi, i la Biga de Cruïlles, un exemplar fragmentari i gairebé únic d’un baldaquí del segle XII que ha conservat íntegrament la seva policromia. El recorregut del romànic conclou amb les pintures al fresc de l’absis de Sant Esteve de Pedrinyà.

Finalment, el visitant pot descobrir un dels símbols més reconeguts i enigmàtics de la Girona actual: l’autèntica columna amb el relleu de la Lleona, datada del segle XIII.