Al Museu d’Art es conserven peces del taller del mestre Bartomeu de Girona, el primer escultor amb un nom conegut, i que va introduir el gòtic a Catalunya. En són exemples destacats el Calvari de mitjan segle XIII, procedent de la catedral de Girona, i el timpà de l’Hospital de Clergues de la mateixa ciutat, tots dos restaurats pel Museu.

Entre els anys 1320 i 1340 es va generalitzar l’ús de l’alabastre de Beuda (La Garrotxa) com a material preferent per a l’escultura de culte. En són bones mostres la Mare de Déu de l’Esperança, d’autoria anònima i procedent del desaparegut convent de Sant Francesc de Girona, i els fragments del grup del Sant Sepulcre de l’església de Sant Feliu, atribuïts al taller de mestres reials Aloi de Montbrai i Jaume Cascalls, sense oblidar un magnífic relleu de Pere Oller, autor, entre d’altres, del sepulcre del cardenal Anglesola a la seu gironina.

A més d’una bona mostra de tombes, relleus, figures i capitells dels tallers de picapedrers gironins, el Museu conserva també un vitrall procedent de la catedral de Girona, testimoni excepcional de la tècnica i l’art del vitraller gòtic.

El Saló del Tron reuneix un dels conjunts més destacats de retaules pintats al segle XV conservats a Catalunya. Entre d’altres, s’hi poden veure el retaule de Sant Miquel de Cruïlles, de Lluís Borrassà; el retaule de la Mare de Déu de Canapost, del mestre homònim; el retaule de Sant Miquel de Castelló d’Empúries, amb intervencions de Joan Antigó, Honorat Borrassà i Francesc Vergós I; el retaule de Sant Pere de Púbol, de Bernat Martorell, el retaule de Santa Cristina de Corçà, atribuït al mestre d’Olot; i el retaule de la Pietat, de Jaume Cabrera, procedent de la capella de la parròquia de Sant Genís de Torroella de Montgrí.