Girona i la seva àrea d’influència van tenir un paper cabdal en l’arribada i difusió de l’art procedent del nord de França que es començà a difondre arreu del continent des d’inicis del segle XIII. Al Museu d’Art es poden apreciar peces del taller del mestre Bartomeu de Girona, el primer escultor amb nom conegut introductor del gòtic a Catalunya. En són clars exemples el conjunt format pel Calvari de mitjans segle XIII, procedent de la catedral de Girona, o el timpà de l’hospital de clergues de la mateixa ciutat, restaurats recentment pel Museu d’Art.
A partir de 1320-1340 es generalitza la utilització de l’alabastre de Beuda (Garrotxa) com a material preferent en l’estatuària de culte, bona mostra de la qual és la Mare de Déu de L’Esperança, d’autor anònim i provinent del desaparegut convent de Sant Francesc de Girona, o els fragments del grup del Sant Sepulcre de l’església de Sant Feliu, atribuïts al taller dels mestres reials Aloi de Montbrai i Jaume Cascalls, sense oblidar un magnífic relleu de Pere Oller, autor, entre d’altres, del sepulcre del cardenal Anglesola a la seu gironina.
A banda d’una bona mostra de tombes i relleus, figures i capitells dels tallers de picapedrers gironins, el museu compta amb altres peces rellevants i excepcionals, com les taules de vitraller que van servir per realitzar els vitralls de la zona de l’absis de la catedral de Girona, constituint una de les úniques mostres materials d’aquest tipus conservades a Europa. Les taules han comptat amb un estudi i una exposició monogràfica al Museu d’Art.
El majestuós Saló del Tron reuneix un dels conjunts més destacables a Catalunya de retaules pintats al segle XV, com el retaule de Sant Miquel de Cruïlles de Lluís Borrassà; el retaule de la Mare de Déu de Canapost, del mestre homònim; el de Sant Miquel de Castelló d’Empúries, amb intervenció de Joan Antigó, Honorat Borrassà i Francesc Vergós I; el retaule de Sant Pere de Púbol de Bernat Martorell; el retaule de Santa Cristina de Corçà, atribuït al mestre d’Olot; i el retaule de la Pietat de Jaume Cabrera, provinent de la capella de Santa Caterina dins la parròquia de Sant Genís de Torroella de Montgrí.
