El Museu presenta una col·lecció d’època altmedieval representativa de l’esdevenir artístic de la Catalunya d’època comtal.
D’aquest moment són clau les obres religioses, en mobiliari litúrgic i la decoració monumental, realitzades principalment als monestirs i centres catedralicis, que estigueren durant segles en la primera línia creativa artística dels comtats pirinencs i prepirinencs, que al nordest aglutinava el bisbat de Girona.
Certificant l’aparició del primer cristianisme es mostra un fragment de làpida paleocristiana del segle IV, trobada a Empúries, mostra austera dels darrers segles de domini romà. Ja en època comtal, s’exhibeixen veritables tresors com el vas hispano-àrab de Sant Vicenç de Besalú; el conjunt litúrgic de Sant Pere de Roda, amb l’Ara portàtil del segle X, el Crist en Majestat procedent del monestir de Sant Miquel de Cruïlles i la Majestat del priorat de Sant Joan les Fonts. En l’àmbit pictòric destaquen l’Homiliari de Beda, de l’església de Sant Feliu de Girona, i un fragment de la Pentecosta del Mestre d’Osormort.
En el transcurs de les sales també té un paper representatiu l’escultura arquitectònica derivada de claustres i portalades, amb una variada col·lecció de capitells de procedència, iconografia i formes diverses. D’aquest grup sobresurt un cap de marbre atribuït al taller del cèlebre Mestre de Cabestany.
Alhora destaca el fons d’objectes litúrgics, amb elements curiosos com la Lipsanoteca de Bestracà, talles de fusta policromada amb representacions marianes i sants, procedents d’arreu de la diòcesi, així com també la Biga de Cruïlles, exemple fragmentari i quasi únic d’un baldaquí del segle XII, que ha conservat la policromia en la seva totalitat. El recorregut en temps del romànic conclou amb les pintures al fresc de l’absis de Sant Esteve de Pedrinyà.
Finalment el visitant descobreix un dels símbols tradicionals i turístics (no exempt de cert misteri) de la Girona actual: l’autèntica columna amb relleu de la Lleona, del segle XIII.
