El Museu acull la col·lecció d’art més important del Bisbat i de la província de Girona, que dibuixa un itinerari per obres úniques de l’art català. La visita permet contemplar, en ordre cronològic, obres pictòriques i escultòriques d’èpoques i estils successius (romànic, gòtic, Renaixement, barroc, realisme, modernisme i noucentisme), amb sales dedicades a la ceràmica, el vidre i l’art litúrgic.
Obre el recorregut per l’exposició permanent un fragment de làpida paleocristiana procedent d’Empúries, i entre les peces més rellevants de la col·lecció destaquen el conjunt litúrgic de Sant Pere de Rodes (s. IX), el Martirologi d’Usuard (llibre miniat del s. XV) i un dels conjunts retaulístics més notables dels segles XV-XVI, a més d’obres destacades del Renaixement i el barroc catalans. La visita es clou amb una representació de pintors dels segles XIX i XX vinculats amb Girona, com Urgell, Vayreda, Rusiñol, Berga i Bertrana.
