El Museo acoge la colección de arte más importante del Obispado y de la provincia de Girona, que traza un itinerario por obras únicas del arte catalán. La visita permite contemplar, en orden cronológico, obras pictóricas y escultóricas de épocas y estilos sucesivos (románico, gótico, Renacimiento, barroco, realismo, modernismo y novecentismo), con salas dedicadas a la cerámica, el vidrio y el arte litúrgico.
Abre el recorrido por la exposición permanente un fragmento de lápida paleocristiana procedente de Empúries, y entre las piezas más relevantes de la colección destacan el conjunto litúrgico de Sant Pere de Rodes (s. IX), el Martirologio de Usuardo (libro miniado del s. XV) y uno de los conjuntos retablísticos más notables de los siglos XV-XVI, además de obras destacadas del Renacimiento y el barroco catalanes. La visita concluye con una representación de pintores de los siglos XIX y XX vinculados a Girona, como Urgell, Vayreda, Rusiñol, Berga y Bertrana.
